במשך העלילה של הטרילוגיה אנו עדים למחלוקת קשה בין מורפיוס ובין המפקד לוק. לשניהם יש תפיסות מנוגדות לגבי הפעולות שעל ציון לנקוט כדי להציל את עצמה ולנצח במלחמה. בעוד שהמפקד לוק מסתכל בעיניים “ריאליות” והגיוניות ולא נותן ל”אמונות” מסוגים שונים לבלבל אותו עם העובדות, מרגיש מורפיוס הרגשה פנימית המשכנעת גם את חבר המועצה, כי הניצחון האמיתי במלחמה לא תלוי רק בכמה ספינות מלחמה ונשק יהיו למערך ההגנה של לוחמי ציון.
המלחמה לפי מורפיוס היא מלחמה ערכית מהותית, אשר תיפתר רק בהתמודדות עם מרכיביה הפנימיים. האויב החיצוני הוא רק ביטוי של הפגם הפנימי, כמו שאמר הבעש”ט כי כל מה שקורה בחוץ הוא סימן למה שקורה אצל האדם פנימה ומסר שנשלח אליו מגבוה כדי שידע איפה עליו לתקן את עצמו. דוד המלך כתב : כי הנה אויבך ה’, כי הנה אויבך יאבדו”. שואלים כולם ישר למה הוא חוזר על עצמו פעמיים? ועונים : כדי לרמוז לנו כי מסתתרת פה מרגלית: כשהאדם מבין כי כל האויבים שלו מבחוץ הם רק תחפושות של המתכנת היוצר לו את הניסיונות כדי לעזור לו לתקן את עצמו (כי הנה אויבך – ה’!) , עצם הכרה זו כבר יוצרת את התיקון ומביאה לכך שאויבים חיצונים אלו כבר מילאו את תפקידם והם ייעלמו – (כי הנה אויבך יאבדו).
הנצחון במלחמה תלוי בהבנה של מהותה הפנימית. לחימה חיצונית גשמית של חוזק יד ברמה החיצונית בלבד לא תביא שום פתרון אמיתי וודאי שלא ניצחון. “אם ה’ לא ישמור עיר – שווא שקד שומר”. להיפך, “כוחי ועצם ידי עשה לי את החייל הזה” הוא הוכחה להכרה הכלואה בתוך אשליית המטריקס, עוד סוג של עבדות מנטלית למנגנון השליטה של סוכני ה”מערכת”.
כרגיל, הסוד הוא שילוב.
לדעת לעמוד על נפשך ולהגן על היקר לך ועל החשוב לך, ויחד עם זאת לדעת כי כל מה שקורה הוא מסר רוחני האמור לכוון אותך לתיקון פנימי. רק בהשלמת תיקון השורשים הפנימיים, תושג רגיעה גם בענפים החיצוניים.